新米領主を目指す凌雲は、最初に兵種覚醒の祭壇に上がる。多くが強力な兵種を期待する中、彼の兵種は伝説級の超低確率で現れる『骸骨兵』だった。骸骨兵はこの世界で最弱とされ、周囲はその選択に失望や驚きを隠せない。凌雲は成績優秀で注目されているが、ある男は彼の出自や運の無さを嘲り、凌雲の成功を否定する。覚醒直後、凌雲の運命は思わぬ困難に直面し、彼が領主として試練に挑む中で何を選ぶのか、事態はまだ波乱含みのままだった。
新人領主の凌雲は、最弱の初期兵種である骸骨兵を引いて周囲から嘲笑を受ける。兵種は九等級に分類され、凌雲が手にしたのは一等級の中でも最弱で基礎性能も低い。彼は周囲の厳しい評価を受けながらも、“一生終わり”と言われる状況で覚醒を目指す決意を固める。仲間たちは凌雲を見限り、新たな兵種を頼るが、凌雲は骸骨兵と共にまだ未知の力を秘めていることを示し、対立はさらなる展開を迎える。
新米領主の凌雲は、無限に骸骨兵を召喚できる強力な天賦を持つが、兵種の弱さから不安を抱えている。幼なじみの林浅浅は、彼が新人試練に落ちても見捨てず支えると約束する。一方、同じ領主の王宇は凌雲の将来を否定し、自分についてくるよう命じる。凌雲は試練のため外周区域へ赴くが、彼の未来と仲間との関係は試されるままだ。
主人公は、事故で両親を失い周囲から見捨てられる中、母の親友である女性に育てられていた。彼女はかつて正式領主だったが、悪党の罠で追放され足に後遺症が残り、満月の夜に激痛に苦しんでいる。主人公は彼女を救うため、領主世界の奥にある秘宝『領主の心臓』を手に入れる決意を固める。新米領主として初期島に降り立ち、自らの領地「亡霊国度」を築き、無限に兵を生産できる祭壇を設置。資源を金貨に変換して大量の骸骨兵を生産し、次の試練に挑む準備を整える。
新米領主は資源不足の中、通常は数体しか生産できない兵を骸骨兵千体も生み出し、数で圧倒する戦略を取る。骸骨兵は食料を消費しないため維持費もかからず、島の制圧に向けて出撃。前線で最弱のスライムと遭遇し全軍で一斉攻撃し勝利。戦いの後、領主は金鉱や森林資源を発見し、さらなる資源採掘を命じて兵力増強を図る。最後に初期島のボス領域を発見し、決戦に備える。
新米領主の凌雲は、初期島に出現した強力な二等級ボスとその配下50体を討伐する計画を立てる。彼は全ての新資源を増兵に回し、2000体の骸骨兵を揃え、数の優位で勝負を挑む。ボスは確かに強力だが、凌雲は大量の骸骨兵で圧倒し、討伐を開始。やがて鉄鉱を資源にし、新たな兵種の生産とボス領地の次なる攻略を見据える。凌雲は初期島を3時間15分で最速通過し、その迅速さを誇り、今後の更なる挑戦への布石を打つ。
新米領主凌雲が初期兵種の最弱骸骨兵を使い、夏国エリアの初期島を最速制覇したと発表され、その報酬やランキングが公表される。仲間たちは凌雲がそんなことを成し遂げるはずがないと疑い、同姓同名の別人の可能性を考える。凌雲の真偽を確かめるため、直接メッセージを送るべきか悩み、最終的にはクラスのチャットで確認を試みることにするが、真実はまだ明らかになっていない。
新米領主は、先の戦いで千体以上の骸骨兵を失ったが、豪華報酬で一万体もの骸骨兵を補充可能と確認する。五等級の人族兵フレイムメイジを得て天賦能力を使い亡霊族に変換し、強力な亡霊メイジを獲得する。生命値は低いが盾役の骸骨兵でカバー可能と判断。次に英霊殿の命令札で英雄召喚を決意し、同じ亡霊族の英雄を選ぶことで部隊の統率強化を図ろうとするが、召喚後の展開が見えないまま終わる。
新米領主は、魅惑の女妖バーバラに英雄装備の黒霊杖を授け、彼女との連携を強化する。骸骨兵には戦士職用の黄金等級兵種装備を適用し、攻撃力と生命力を大幅に向上させて紙装甲から脱却。数も多い骸骨兵の強化は総戦力を倍増させる効果をもたらした。領主自身は前線に出ることはなく、バーバラとの相性の良さが戦力強化の鍵となる。今後の戦いに向けた準備が整い、次の決断が迫られる。
新米領主が骸骨兵に加え新たな五等級兵種、亡霊メイジの祭壇を建て大量生産を開始する。バーバラに亡霊メイジの指揮を任せ、二種の兵士とともに初期島の資源回収を命じた。初期島を制覇した領主は本格的な次の段階、大陸への上陸を目指す。大陸には資源の豊富な領地があり、多くの新米領主が同時に挑むため、かつての同級生との再会も予期される。緊迫の中、領主は新たな戦いに備える決意を固める。