永和三十五年の瑞泉寺で、千年生きる大蛇の墨鱗と白嫵が穏やかに修行を続けていた。両者にはそれぞれ不老不死や永遠の美貌をもたらす金丹が隠されていると噂されるが、彼らは寺の平和を守ってきた。ある日、突如本堂から火災が発生し、方丈と僧侶たちは消火に追われる。火の勢いは強く、寺と大蛇たちを取り巻く静かな日常は大きく揺らぎ始める。事態は深刻な局面に突入し、今後の行方が見えなくなる。
瑞泉寺が壊れたお堂の修理に困っていると、賈三という男が現れ再建のために銀五千匁を寄付すると申し出る。彼は寺で修行し、大蛇様と仏の力を体感したいと言う。方丈は賈三の厚志を感謝し、客間と着る物を準備してもてなすよう命じる。寺側は思わぬ援助に喜ぶが、賈三はある目的を胸に秘めており、何か重要な宝を見逃すわけにはいかないと決意を固める。緊迫の中、物語は新たな局面を迎える。
祈りで願いを叶えたい男は、大金で仏像を修理すると誓うが、突然部屋に現れた謎の女性から計画への協力を持ちかけられる。二人はお互いの利益のために結託しようとするが、信頼していた師匠が大蛇様に毒を盛った事実が明らかになり、男は激しく動揺する。一方、白嫵は怪我を負い泉源で療養中で、その食事が他の人物に届けられる中、事態はさらに緊迫し始める。信頼と裏切りが交錯する中、目の前の危機が拡大していく。
男は修行結晶の金丹を手に入れ仙人になる野望を追い、寺を守る大蛇と白嫵と対立する。彼は己の欲望のために金丹を奪い、大蛇たちが守る霊力の地脈を壊そうとするが、それは大岳山の崩落や怨念の悪影響を引き起こす危険も伴う。男は死にかけの大蛇を嘲り、さらに白嫵の金丹も奪おうと決意し強硬手段に出る。最後に墨鱗が危険な状況に陥り、事態は一層緊迫する展開で終わる。
墨鱗は不老不死の金丹を手に入れ、自身の天下を握る決意を固める。一方、白嫵が戻り、二人は玄塵たち人間を警戒する。墨鱗は恩を裏切る玄塵への復讐を白嫵に託し、金丹を奪われることを絶対に許さないと告げる。白嫵は瑞泉寺で決着をつける覚悟を示し、もし玄塵一派が一人でも逃げれば村を焦土と化すと脅迫する。対立は深刻化し、激しい衝突が避けられない状況となった。
化け蜘蛛の女性は老いを感じ、修行結晶の金丹を奪うため人間の賈三に接近を指示した。彼女は自らの毒で賈三の命が三日以内に尽きると迫り、金丹を奪うか死を待つかの選択を強いる。賈三は白嫵を誘き出す任務を負い、白嫵は暴走状態にある。豪雨と紫色の水が原因で寺の地脈の霊気が乱れ、賈三と明悟は行方不明に。その不穏な状況が次なる大きな変化を予感させる。
明悟が戻ってきた理由を問い詰められ、彼が大蛇様の殺害者とされ命を償う覚悟を要求される。明悟は彼の心臓がないことを指摘し、皆で一緒に死ぬ決意を示す。一方、玄塵は墨鱗から修行結晶の金丹を奪い、命も奪った罪で瑞泉寺の者から命の代償を要求される。逆らえば地脈の暴走で周囲を巻き込み壊滅させると脅され、深刻な対立が一層強まる展開となる。
墨鱗が亡くなり、彼の死について弟子の玄塵が疑惑を晴らそうとするが、周囲からは玄塵が犯人と断定され厳しい非難を受ける。墨鱗の死の真相には謎が多く、玄塵は自らの潔白を証明するため調査を申し出るが、怒りに駆られた者たちは玄塵に命を絶つか寺を壊滅させるかの選択を迫る。白嫵の証言が唯一の証拠とされる中、ある者が強力な仏光障壁により避難した村人たちを守るため動き出す。玄塵が握る墨鱗の金丹が鍵となり始める。
墨鱗を殺し、罪を着せられた玄塵が方丈様に助けを求めるが、方丈様は千年の霊物を殺したことで地の力が狂い命を奪う事態を指摘する。玄塵は修行結晶の金丹を隠した疑いをかけられ、真犯人が蔵経閣にいると告げられる。方丈様は玄塵に2時間の猶予を与え、犯人に金丹を返すよう説得するが、期限までに返さなければ子供が殺されると脅され、緊迫の中、玄塵の決断が迫られる。
賈という男が不老不死を求め、修行結晶の金丹を返すよう周囲から説得されるが拒絶する。彼は自身の欲望のために他人を巻き込んでも構わないと突き放し、人々の怒りと絶望を招く。追い詰められた賈は金丹を飲み込むと脅し、対立が激化。白嫵は彼の正気を疑い、説得のための時間を求めるが拒否される。状況が膠着する中、白嫵は大蛇様の命令で決断を迫られ、新たな行動を開始しようとしている。