Après trente ans dans l'Arche souterraine qu'il a construite pour sauver l'humanité des Titans, Lucas Martin, le Gouverneur, s'apprête à révéler le Mécha-Titan et à reconquérir la surface. Mais il est brutalement interrompu par une foule hostile menée par Camille, sa fille adoptive devenue Gouverneure, et l'Armée de la Résistance. On l'accuse d'avoir menti sur l'apocalypse pour maintenir son pouvoir et emprisonner les survivants. Des images sont projetées pour prouver que la surface est sûre et que les Titans ont disparu. Face aux accusations de trahison et aux cris vengeurs de la foule, Lucas, abandonné même par Camille, est mis en jugement. Alors que la condamnation semble inévitable, il lance un dernier avertissement sinistre à ceux qui veulent quitter l'Arche.
Une foule exige l'exécution de Lucas. La gouverneure, sous pression, ordonne à tous de quitter l'Arche, promettant un avenir meilleur à l'extérieur. Emma, secrétaire de Lucas, s'interpose et révèle que les images présentées comme actuelles sont en réalité des archives vieilles de trente ans. La commandante et d'autres l'accusent d'être la complice de Lucas et la font arrêter. Camille, la fille de Lucas, renie son père. Pour trancher le conflit, la gouverneure décide d'envoyer une équipe en reconnaissance à la surface pour filmer la réalité en direct, mettant tout le monde face à la vérité imminente.
En direct, l'équipe de capitaine Julie risque d'être massacrée à l'extérieur. Pendant ce temps, dans l'Arche, Lucas, captif, accuse Élise, une commandante, d'avoir sacrifié son mari pour survivre et d'aspirer à contrôler l'Arche. La foule, outrée, le traite de menteur et réclame son exécution, tandis qu'un autre homme défend Élise en affirmant leur amour. Lucas reste inflexible et prédit leur mort. À l'extérieur, l'équipe découvre que les Titans ont tendu un piège, révélant une intelligence inattendue. Lucas, moqueur, les accuse d'être aveugles. Alors que les citoyens s'apprêtent à ouvrir une paroi pour prouver ses mensonges et le condamner, ils découvrent avec stupeur une réalité bouleversante qui change tout.
À la surface, un groupe découvre un paysage de ruines calme et dépourvu de Titans, contrairement aux récits catastrophiques. Élise et ses compagnons, menés par Camille, concluent que Lucas, leur gardien, les a trompés pour les maintenir enfermés et conserver son pouvoir. Malgré la méfiance persistante de certains, le groupe, galvanisé par l'odeur de liberté, décide de contacter la Capitaine Julie pour préparer une installation définitive à l'extérieur. Alors qu'ils s'organisent pour quitter l'Arche, une présence menaçante perçoit leur odeur et observe l'ouverture du sanctuaire avec un intérêt sinistre.
Un groupe de soldats surveille l'Arche, persuadé que l'apocalypse est terminée et que le leader Lucas les a enfermés par soif de pouvoir. À l'intérieur, un homme filme la nature verdoyante de la surface pour convaincre la Gouverneure et la foule que le monde extérieur est sûr. Poussés par cet espoir, les citoyens se révoltent et exigent la mort de Lucas et de sa complice Emma, accusés de crimes contre l'humanité. Ils sont condamnés à être exécutés publiquement. Pendant ce temps, des créatures appelées Titans, restées cachées, perçoivent le mouvement de la foule. Elles voient les humains s'apprêtant à quitter l'Arche comme un festin offert et se préparent à les attaquer.
Dans l'Arche, une foule en colère réclame la mort de Lucas, jugé responsable d'une terrible injustice envers les enfants. Pendant ce temps, Camille, la nouvelle Gouverneure, est confrontée par les parents âgés de Lucas, les Martin, qui la supplient à genoux d'épargner leur fils. Ils rappellent leurs liens familiaux passés et tentent d'influencer Camille par le chantage émotionnel. Cependant, Élise, une autre personne sur les lieux, la met en garde contre un favoritisme qui trahirait son serment envers le peuple. Camille, déchirée mais déterminée, refuse finalement la demande des vieillards, déclarant que la loi ne fait pas de sentiment et que Lucas est impardonnable. Elle ordonne aux gardes d'emmener les Martin. Dans une autre scène, le Capitaine Julie découvre un lieu potentiel pour reconstruire, mais le sort de Lucas reste suspendu.
Lucas, désormais déchu, est confronté par une foule menée par Camille et Emma lors d'un rassemblement. Les participants l'accusent d'avoir trahi ses amis, notamment le docteur Fontaine, Lucie, Nicolas et Clément, et révèlent qu'il serait responsable de la mort de Romain, son meilleur ami. Une lettre laissée par Romain le désigne comme coupable. La foule réclame vengeance. Lucie souhaite l'exécuter elle-même. Camille promet qu'elle pourra prononcer la sentence une fois revenus à la Place du Peuple, où son jugement final est imminent.
La Gouverneure ordonne que les prisonniers soient conduits sur la place pour qu'un vote populaire décide de leur exécution. Pendant ce temps, le Capitaine Julie rapporte avoir trouvé un lac dans une oasis, un emplacement idéal pour établir un camp de surface, ce que la Gouverneure salue comme une chance de reconstruire 'sous un soleil libre'. Alors que Julie explore les environs avec son équipe, des discussions révèlent l'imminence du verdict contre un homme nommé Lucas, accusé d'un crime lié à la construction de l'Arche. Malgré les appels à une exécution rapide pour ne pas retarder le déménagement, la procédure de vote public se met en place, créant une tension entre la promesse d'une nouvelle vie à la surface et la brutalité de la justice qui précède l'exode.
Alors que le vote populaire pour décider du mode d'exécution de Lucas est sur le point de commencer, Lucie interrompt la procédure. Elle propose une alternative plus expéditive : pendre Lucas dans l'Arche, puis faire exploser l'entrée, le condamnant à y mourir seul après le départ de la communauté. La Gouverneure valide cette proposition après un rapide échange avec ses conseillers. Les citoyens, se rappelant comment Lucas les a enfermés, acclament cette idée de le laisser pourrir avec son œuvre. Le jugement est donc prononcé : Lucas sera exécuté et scellé dans l'Arche. Après avoir vérifié que tous, sauf Lucas et ses complices, sont sortis, la Gouverneure ordonne de faire sauter l'entrée, scellant ainsi le sort du condamné tandis que la foule célèbre sa libération définitive de ce qui était devenu une prison.
L'apocalypse éclate. Pour sauver l'humanité, Lucas Martin accepte d'y laisser des années de sa vie et enferme les survivants dans une Arche. Trente ans plus tard, il est trahi par sa fille adoptive Camille et par l'ambitieuse Élise. À coups de fausses vidéos montrant une surface soi-disant redevenue paisible, elles manipulent la foule, attisent sa colère et l'envoient à la potence. Aveuglés par ces mensonges, les survivants font sauter le bunker et montent vers ce qu'ils imaginent être une oasis verdoyante. Ils tombent en réalité dans un piège tendu par les Titans et Élise pour les parquer comme du bétail. Quand les Titans révèlent leur véritable nature et lancent le massacre, il est déjà trop tard pour regretter. Lucas maîtrise depuis longtemps la technologie des méchas, mettra-t-il de côté sa rancœur pour sauver une fois de plus l'humanité ?