ゾンビで溢れた終末世界で、主人公は元カノに裏切られゾンビの餌にされたが、ルームメイトたちが命をかけて救出した。しかし彼らはゾンビに噛まれたため、主人公は覚醒した『寮母システム』で彼らを操り、食堂や牧場、工場、住宅区を整備し寮内の秩序を回復した。人間に戻すために必要な500万コアという高額な資金を前に、主人公は仲間のために必死に稼ごうと決意するが、水や生活必需品もコアで取引される厳しい現状に直面する。まだ苦難は続く。
終末世界で、小花と母親は生きている父親に会うために危険な都市を目指す。道中、小花は母親に連れられながらも自制を求められ、突然襲撃者に追い詰められる。母親は何とか抗体を渡そうとするが、敵に止められ絶体絶命の危機に陥る。一方、小花は頭痛を訴えつつも逃げるよう助けを求めるが、敵の圧力が強まる。彼らの前に義姉らしき人物が現れ、状況は新たな局面を迎える。
凌驍は抗体を持つ娘を連れて逃げるよう義姉に指示し、この子供が唯一の希望だと告げる。敵のS級異能者三人組が娘を奪おうと襲いかかるが、凌驍は娘を守ろうと必死に抵抗する。戦いの最中、凌驍は自身がSSS級のゾンビで操る能力を持つことが明らかになり、敵はその技術を敵に渡さないために殺すことを命じられる。凌驍は追い詰められながらも、敵に自分の能力の全てを明かす覚悟を決める。
理事の息子である田苟が、白小花ら仲間を四年間監禁し人体実験を行っていた事実が判明する。白小花は終末前に生まれた南梁の子供だと明かされるが、彼を探す途中で田氏グループに囚われていた。脱出に成功した凌驍は、病原体感染前に白小花に毎日メッセージを送るよう頼んでいたが、実は消息を伝えていたのは凌驍自身だった。仲間たちは彼を助けるために命を落とし、白小花は自責と悲しみのなか一人になる決意を表す。最後に思いがけない人物が現れ、状況は新たな展開を迎える。
ゾンビとなった南梁がかつての記憶を取り戻し、暁への想いを本能に刻んでいることが示される。凌驍は南梁にもし暁が来なければ毎日メッセージを送り、彼女を守るよう頼まれる。一方、南梁は人間に戻れると約束され、希望を持つ。終末世界で食料が貴重な中、南梁は久しぶりに豊富な食事を前にし、家族の温かさと未来へのわずかな光を感じる。しかし、完全な回復と暁との再会はまだ先の話で、先の展開が見えないまま終わる。
四年間閉じ込められていた小花が、母親と共に久しぶりに本物の肉や終末前に好きだった火鍋味のおかきを味わう。甘い水や色とりどりの食べ物に感動し、初めての美味しさに幸せを感じる一方、母親は休日のジャンクフードを制限しつつも小花の喜びに寄り添う。そんな中、小花は南梁への思い出を取り戻す決意を固め、感情があふれてしまう。ここから彼女の記憶と感情の揺れ動く物語が動き出す。
ゾンビがはびこる終末世界で、凌驍は仲間に食事を振る舞いながら生き延びていた。一方、田氏グループの一部は異能者だけを救出し、異能のない凌驍を見捨てた過去がある。だが凌驍はゾンビを操る力を手に入れ、依然として生存していたため、田氏グループの幹部たちは彼を排除すべきか対立する。凌驍の強大な能力に恐れつつも、彼の親がグループのトップであることから簡単には手出しできない。緊迫する中、決着を図る時が迫っている。
凌驍はゾンビを操り、その異様な光景に周囲は驚きを隠せない。ゾンビたちがバスケットボールをする様子を見て、彼の特殊能力の凄さを再認識し、基地に招く方針が決まる。一方、味方は基地内で侵入者の捕獲とボスの護衛に奔走するが、凌驍が操るのは小物ゾンビばかりと嘲笑も飛び交う。そんな中、物資の回収計画が持ち上がり緊張が高まる。最後にゾンビ獣の出現が告げられ、次の危機の足音が迫る。
ゾンビ獣を撃退した凌驍は、家族のもとで無事を確認されるが、一部から彼がゾンビを操って人間を襲撃しようとしていると疑われる。凌驍は敵意がないと弁明し、攻撃を避けようとするが軍隊からは排除の命令が下る。やがて夏国軍のリーダーが訪れ、凌驍に協力を求めるが、彼と軍との緊張は続いたままだ。凌驍の身に迫る危機と、軍との対立が今後の展開を左右する緊迫した状況で幕を閉じる。
SSS級ゾンビを操る能力を持つ凌驍は、仲間が敵対勢力に娘を怖がらせられたことに怒りをあらわにする。敵対勢力は謝罪を求められ、基地の協力を拒否されるが、凌驍は冷静に誤解を否定しつつも報復を示唆する。参謀長は凌驍を激怒させたことで基地から追放され、一方で凌驍は自身の復讐を誓う。最終的に、凌驍は敵対する集団が娘を監禁し人体実験に利用していた可能性を問いつめ、対峙はますます深刻さを増す。