地下シェルターで30年間、巨人の脅威から人々を守ってきた執政官の程風は、巨大メカを完成させ、いよいよ地上への帰還を民衆に告げようとする。しかし、ある男が監視映像を公開し、地上は既に安全で程風が捏造映像で恐怖を煽っていたと暴露する。養女の程欣を含む民衆は激怒し、程風を『大罪人』『独裁者』として裁く審判を始める。程風は自身への疑念を否定するが、反抗軍による粛清の声が高まる。最後に程風は、民衆が『故郷へ帰る』なら『巨人のエサになればいい』と警告を発し、対立は決定的なものとなる。
シェルターの住民たちは、執政官の程風に反旗を翻し、彼を処刑して地上へ戻ることを要求する。程風に懇願して子どもをシェルターに入れてもらった女性の姿が対照的だ。程風はシェルターの拡張を決断し、自身の寿命を削る形でシステムをアップグレードする。一方、程風の秘書・荘妍は、住民たちが見ている地上の映像が30年前のものだと警告し外へ出ることに反対するが、程風の娘を含む住民たちは彼女を裏切り者と見なして糾弾する。荘妍は程風の無実を訴え続けるが、参謀長の陸文潔は彼女を逮捕するよう命じる。荘妍は最後の手段として、程風の潔白を証明するため、地上への偵察隊派遣とそのライブ中継を提案する。
シェルターのリーダー、陸文潔は程風に罪を認めるよう迫る。程風は、陸が夫を犠牲にしてシェルターに入った過去を暴露し、彼女の正当性を否定する。陸の仲間たちは激昂し、程風を吊るすよう要求するが、程風は最後まで屈しない。彼は陸が権力のために自分を利用していると主張し、偵察隊が地上の真実を持ち帰れば自分は無罪だと宣言する。一方、偵察隊は地上への出口に近づいていたが、程風が罠を警告した巨人の存在を目の当たりにする。岩層を抜ければ地上という出口は目前だが、程風の発言が嘘なのか真実なのか、決定的な瞬間が迫っていた。
シェルターの住民たちは長年信じていた外界の映像が嘘であることを知り、廃墟と化した現実に直面する。程風をリーダーとする一派はこれを認めず、地上は安全で自由だと主張し、陸文潔らを説得して脱出を計画する。しかし、シェルター外では未知の存在が住民たちの気配を嗅ぎ付け、長年待ち望んだ「蓋」が開いたことに喜びを隠せない。住民たちは危険を知らずに地上への移住準備を進める一方で、外部には予期せぬ脅威が迫りつつあった。
地下シェルターの住民たちが、長年閉じ込められていた避難所から初めて地上へと姿を現す。彼らはリーダーの程風から隠されていた美しい自然の世界を目の当たりにし、終末が嘘であったことを知る。住民たちは激怒し、程風を欺き者として糾弾、反抗軍の執政官による裁判が即座に行われる。程風と共犯者は人道に対する罪で死刑を宣告され、護送車で連行される。一方、その外では、住民たちの脱出を狙う謎の敵対勢力が、獲物が自ら罠に入るのを待ち構えている。
かつてシェルターの執政官だった程風とその妻が、何らかの罪を問われ群衆から吊るせと非難されている。執政官の陸文潔は、彼らを育てた恩義から程風を逃がしてほしいと懇願する老夫婦の前に立ち、法に私情を挟めないと拒絶する。老夫婦は土下座までして哀願するが、陸文潔は彼らを監禁するよう命じる。一方、別の場所では、ある統領が先遣隊の駐屯地として新たな場所を視察し、復興への第一歩を感じ取っていた。
反抗軍幹部の丁怡は、程欣に旧友でありリーダーであった程風が、自らの権力のために戦友である彼女の兄・丁宇を殺害したと告発する。程欣は遺書という証拠を提示し、程風の裏切りを暴露する。憤慨した丁怡を含む幹部たちは、失脚した独裁者程風への処刑を要求する。程欣は丁怡に、まもなく行われる引き回しの後、審判広場で自らの手で程風を処刑する機会を与えると宣言する。全ては処刑へと向かう中、復讐の実行が目前に迫る。
新天地となる湖周辺の居住地が発見され、執政官はシェルター住民たちの移住を宣言する。一方、シェルター建設の功労者である程風は罪人として捕らえられ、国民投票による審判が待たれている。探索部隊のリーダーである陸統領は、幼少期にシェルターが閉鎖されて以来、初めて地上に立っている。部下たちは程風への即刻処刑を求めるが、陸は正式な手続きを優先し、迅速な探索と移住準備を指示する。程風の運命を決める投票の結果が、迫り来る新生活の影を落とす。
シェルターから脱出する市民たちによって、程風の処刑方法を決める国民投票が始まる。ある男が彼をシェルター内に吊るし、出入り口を爆破して孤独に死なせる案を提案し、執政官と他の市民たちはこれに賛同する。程風に刑が言い渡され、市民たちは新天地を祝福する。程風一派を除く全員の避難が確認されると、執政官はシェルター入り口の爆破を命じ、市民たちは解放を歓喜する。程風の運命は、閉ざされたシェルターと共に決着を迎えようとしている。
終末世界で三十年間シェルターを守り続けた程風は、自らの寿命を削って人類を安全に導いた。しかし、養女の程欣と野心家の陸文潔に裏切られ、二人は偽の地上映像で民衆を騙し、程風を処刑しシェルターを破壊。民衆は楽園を信じ地上へ向かうが、そこは巨人たちの罠だった。絶望の中、程風は怒りと葛藤を抱えながらも、開発したメカ技術で再び人類の未来を切り開こうと決意する。